Yönetmelikte belirlenen usul ve esaslara uygun olarak hazırlanan GMKA çalışma programı; bütçe yılına ilişkin öncelik alanlarını, tedbirleri, proje ve faaliyetleri ve bunlara ayrılacak tahmini malî kaynakları ve bunların Ajans bütçesi içindeki tahmini oranı ile belirtilen faaliyetlerin gerekçelerini gösterir. Ajansın çalışma programında bütçe yılını izleyen iki yıla ilişkin olarak gösterge niteliğinde çalışma programı tahminleri de sunulmaktadır.